Berkat panduan Letnan Kolonel TNI AD Pitut Suharto[8] kegiatan musyawarah dalam rangka reorganisasi NII yang meliputi Jawa-Sumatra tersebut berlangsung beberapa hari, hal itu justru dilaksanakan di markas BAKIN jalan Senopati, Jakarta Selatan. Di sinilah situasi dan kondisi (hasil rekayasa BAKIN-Ali Murtopo dan Pitut Suharto melalui kubu Neo NII Sabilillah di bawah Daud Beureueh, Danu Mohammad Hasan, Adah Djaelani, Hispran dkk) berhasil didesakkan kepada kubu Fillah yang dipimpin secara kolektif oleh Djaja Sudjadi, Kadar Shalihat dan Abdullah Munir dkk untuk memilih kepemimpinan.
Hasil musyawarah kedua kubu (Fillah dan Sabilillah ini) yang dilakukan pada tahun 1976 ini menetapkan, kepemimpinan NII diserahkan kepada Tengku Daud Beureueh sekaligus membentuk struktur organisasi pemerintahan Neo NII yang terdiri dari Kementrian dan Komando kewilayahan (dari Komandemen Wilayah hingga Komandemen Distrik dan Kecamatan) namun tanpa dilengkapi dengan Majelis Syura maupun Dewan Syura.
Provokasi dan jebakan OPSUS terhadap para mantan tokoh DI berhasil, Struktur organisasi NII kepemimpinan Daud Beureueh berdiri dan berlangsung di bawah kendali Ali Murtopo yang saat itu menjabat sebagai Deputi Operasi Ka BAKIN melalui Kolonel Pitut Suharto.
