Faksi pertama diformat menjadi moderat untuk memperkuat Golkar, dan faksi kedua diformat bagi kebangkitan kembali organisasi Neo NII.
Keterlibatan Pitut Suharto yang akhirnya dinaikkan pangkatnya menjadi pejabat Dir Opsus di bawah Deputi III BAKIN terus berlanjut, Pitut tidak saja bertugas untuk memantau aktifitas para mantan tokoh DI tersebut, tetapi Pitut sudah terlibat aktif menyusun berbagai rencana dan program bagi kebangkitan NII, baik secara organisasi maupun secara politik termasuk aksi gerakannya.
Ketika BAKIN membuat program pemberangkatan atau pengiriman pemuda (aktifis kader) Indonesia ke Timur Tengah –seperti Mesir, Syria, Libya dan Saudi Arabia yang diantara alumnnya kemudian terkait dengan konflik Moro (MNLF) dan kelompok perlawanan Aceh– Pitut Suharto-lah yang ditunjuk Ali Murtopo untuk mengelola (membimbing, memantau, mengurus dan menyelesaikan) masalah tersebut, sekalipun keberangkatan para kader aktifis Indonesia ke Negara-negara Timur Tengah tersebut terbukti hanya untuk mempelajari pola-pola gerakan Islam di sana, sembari mempelajari syari’ah sebagai cover, dan melakukan pelatihan militer.
