Di Jawa Tengah sendiri aksi penangkapan terhadap anggota Neo NII rekrutan H. Isma’il Pranoto dan H. Husen Ahmad Salikun oleh OPSUS, seperti Abdullah Sungkar maupun Abu Bakar Ba’asyir dan kawan-kawan berjumlah cukup banyak, sekitar 50 orang, akan tetapi yang diproses hingga sampai ke pengadilan hanya sekitar 29 orang. Penangkapan terhadap anggota Neo NII wilayah Jawa Tengah rekrutan H. Isma’il Pranoto dan H. Husen Ahmad Salikun berlangsung tahun 1978-1979.
Di Sumatera, aksi penangkapan secara besar-besaran berdasarkan isu Komando Jihad ini terjadi sepanjang tahun 1976 hingga tahun 1980, dan berhasil menjaring dan memenjarakan ribuan orang.
Sementara penangkapan terhadap para elite Neo NII –yang musyawarah pembentukan strukturnya dilakukan di markas BAKIN (jalan Senopati, Jakarta Selatan)– seperti Adah Djaelani Tirtapradja, Danu Mohammad Hasan, Aceng Kurnia, Tahmid Rahmat Basuki Kartosoewirjo, Dodo Muhammad Darda Toha Mahfudzh, Opa Musthapa, Ules Suja’i, Saiful Iman, Djarul Alam, Seno alias Basyar, Helmi Aminuddin Danu[11], Hidayat, Gustam Effendi (alias Ony), Abdul Rasyid dan yang lain dengan jumlah sekitar 200 orang, mereka ditangkap Laksus sejak akhir 1980 hingga pertengahan 1981.
