H. Ismail Pranoto divonis Seumur Hidup, sementara para rekrutan Hispran yang juga disebut sebagai para pejabat daerah struktur Neo NII tersebut, baru diajukan ke persidangan pada tahun 1982, setelah “disimpan” dalam tahanan militer selama 5 tahun, dengan vonis hukuman yang bervariasi. Ada yang divonis 16 tahun, 15 tahun, 14 tahun hingga paling ringan 6 tahun penjara.
H. Ismail Pranoto disidangkan perkaranya di Pengadilan Negeri Surabaya tahun 1978 dengan memberlakukan UU Subversif PNPS No 11 TH 1963 atas tekanan Pangdam VIII Brawijaya saat itu, Mayjen TNI-AD Witarmin[10]. Sejak itulah UU Subversif ini digunakan sebagai senjata utama untuk menangani semua kasus yang bernuansa makar dari kalangan Islam.
Nama Komando Jihad sendiri menurut H. Isma’il Pranoto merupakan tuduhan dan hasil pemberkasan pihak OPSUS, baik pusat maupun daerah (atas ide Ali Murtopo dan Pitut Suharto). Sementara penyebutan yang berlaku dalam tahanan militer Kodam VIII Brawijaya – ASTUNTERMIL di KOBLEN Surabaya, mereka dijuluki sebagai jaringan Kasus Teror Warman (KTW).
Sementara keberadaan Pitut Suharto sendiri sejak tanggal 6 Januari 1977 – saat dimulainya penangkapan terhadap H. Isma’il Pranoto dan orang-orang yang direkrutnya sebagai kelompok Komando Jihad– Pitut justru pergi menyelamatkan diri dengan menetap di Jerman Barat, dan baru kembali ke Indonesia setelah 6 atau 7 tahun kemudian.
