Superioritas militer Amerika Serikat memaksa para datu yang gigih untuk tunduk pada kekuasaan Amerika Serikat. Para pejabat Amerika sendiri membiarkan Islam dan hukum adat Moro tak tersentuh, asal tidak bertentangan dengan konstitusi Amerika Serikat.
Namun, mengetahui bakal terjajah kembali, meski bentuk penjajagannwa tak tampak oleh mata, orang-orang Moro mulai kritis dan mengajukan beberapa usulan. Ketika orang-orang Filipina mulai dilatih untuk mempersiapkan pemerintahan sendiri menuju kemerdekaan, para sultan, datu, dan pemimpin agama Islam mengajukan petisi kepada para pejabat Amerika agar wilayah mereka tidak diikutkan pada negara merdeka yang direncanakan. Mereka menginginkan tetap berbeda dari Filipina Kristen, bertahan dibawah perlindungan Amerika sampai mereka dapat mendirikan negara sendiri yang terpisah.
Dan puncaknya ketika Republik Filipina resmi didirikan pada tahun 1946, orang-orang Moro dimasukkan dalam struktur politik tanpa konsultasi dan izin mereka. Tentu saja hal tersebut menuai protes tajam dari orang-orang Moro. Banyak pelanggaran hukum dan ketertiban yang mengkhawatirkan terjadi di wilayah Moro. Hingga komite Senat Filipina, pada tahun 1951, menyimpulkan bahwa faktor yang menyebabkan situasi tersebut adalah karena kebanyakan orang Moro tidak mengidentifikasi diri mereka dengan bangsa Filipina atau tidak setuju dengan kebijakan nasional.
Terlebih pada tahun 50-an, ketika Amerika dan orang-orang Spanyol mendorong gelombang migrasi kaum Nasrani (Kristen) dari Utara ke kawasan Selatan, tempat muslim Moro menetap dan berkembang biak, pelbagai konflik agama merebak dari hari ke hari. Rata-rata mereka berasal dari ratusan kepala keluarga etnis Ilongo, Ilocano, Tagalog dan lain-lainnya. Mulai dari persoalan tanah, mata pelajaran sekolah hingga tempat ibadah menjadi bahan sengketa di antara mereka.
Karena itu, untuk mencegah konflik berkepanjangan dan merangkul kaum minoritas muslim, pada tahun 1956 pemerintah Filipina membentuk Komisi Integrasi Nasional yang selanjutnya digantikan oleh office of Muslim Affairs and Cultural Communities. Inilah organisasi yang mengurusi kepentingan muslim Filipina.
Kendati niat mulia itu sudah terwujud, namun permusuhan antara orang-orang Moro dan Indio-Kristen masih terus bergolak. Terutama sekali pada tahun 70-an, saat satu organisasi teroris Nasrani bernama Ilagas terbentuk. Awalnya organisasi ini beroperasi di Cotabatos. Namun, perlahan-lahan gerakan ini semakin menyebar. Kaum muslim lantas membentuk gerakan perlawanan yang diberi nama Blackshirt untuk menghadang kemunculan teroris tersebut. Hal serupa terjadi juga di wilayah Lanao. Di sana, kelompok muslim bernama Barracuda melakukan perlawanan terhadap Ilagas. Dan, konflik pun terus meruyak dari satu daerah ke daerah lainnya.
