Terdapat berbagai pendapat tentang lahirnya nama Bogor itu sendiri. Salah satu pendapat menyatakan nama Bogor berasal dari kata Bahai atau Baqar yang berarti sapi dengan alasan terdapat bukti berupa patung sapi di Kebun Raya Bogor.
Pendapat lainnya menyebutkan nama Bogor berasal dari kata Bokor yang berarti tunggul pohon enau (kawung). Pendapat di atas memiliki dasar dan alasan tersendiri diyakini kebenarannya oleh setiap ahlinya.
Namun berdasarkan catatan sejarah bahwa pada tanggal 7 April 1752 telah muncul kata Bogor dalam sebuah dokumen dan tertulis Hoofd Van de Negorij Bogor, yang berarti kepala kampung Bogor. Pada dokumen tersebut diketahui juga bahwa kepala kampung itu terletak di dalam lokasi Kebun Raya itu sendiri mulai dibangun pada tahun 1817.
Kemudian, nama Bogor menurut berbagai pendapat berasal dari kata “Buitenzorg” nama resmi dari Penjajah Belanda. Perjalanan sejarah Kabupaten Bogor memiliki keterkaitan yang erat dengan zaman kerajaan yang pernah memerintah di wilayah tersebut.
Pada empat abad sebelumnya, Sri Baduga Maharaja dikenal sebagai raja yang mengawali zaman kerajaan Pajajaran, raja tersebut terkenal dengan ‘ajaran dari leluhur yang dijunjung tinggi yang mengejar kesejahteraan’. Sejak saat itu secara berturut-turut tercatat dalam sejarah adanya kerajaan-kerajaan yang pernah berkuasa di wilayah tersebut, yaitu: Kerajaan Taruma Negara, Kerajaan Galuh, Kerajaan Sunda, Kerajaan Kawali dan Kerajaan Pajajaran.
Dari sisi sejarah, Kabupaten Bogor merupakan salah satu wilayah yang menjadi pusat kerajaan tertua di Indonesia. Catatan Dinasti Sung di China dan prasasti yang ditemukan di Tempuran Sungai Ciaruteun dengan Sungai Cisadane, memperlihatkan bahwa setidaknya pada paruh awal Abad ke 5 M di wilayah ini telah ada sebuah bentuk pemerintahan.