Tetapi itu bukanlah alasan satu-satunya. Menurut Pdt. Dr. Jan S. Aritonang (Sejarah Perjumpaan Kristen dan Islam di Indonesia, 2005), Paus Alexander VI membagi dua kekuasaan di dunia : belahan Barat untuk Spanyol dan belahan Timur untuk Portugis. Paus memberi restu dan mandat kepada kedua negara –sebagai penghargaan atas jasa mereka dalam Perang Salib melawan tentara Islam, untuk menaklukkan kawasan-kawasan yang mereka lalui dan menanamkan Kristen kepada penduduknya. Mandat ini tertuang di dalam Bulla (maklumat) Paus Alexander VI tanggal 4 Mei 1493 dan perjanjian Tordesillas 9 Juni 1494.
Karena itulah Hamka (Sejarah Umat Islam IV, 1976) menilai penyerbuan ke negeri-negeri Timur lebih besar karena dorongan kemenangan dan penyiaran agama ketimbang keinginan berniaga. Demikian juga pendapat tokoh gereja Indonesia, TB. Simatupang (Iman Kristen dan Pancasila, 1989), katanya:
“ Orang Portugis datang ke Indonesia dengan suatu pengertian teologi dan politik di balik tujuan mereka untuk mematahkan ekonomi orang Islam (yang menguasai perdagangan dari Indonesia ke Eropa), dan menduduki wilayah negeri-negeri lain dalam nama raja Portugal serta memenangkan penduduk negeri-negeri itu untuk Gereja Roma Katolik”.
Jan S. Aritonang (2005) menyebut bangsa Barat datang sambil mengibarkan panji-panji Kristen, termasuk tanda salib di bendera kapal-kapal dagang mereka. Di dalam diri penguasa Portugis dan Sepanyol tertanam dendam yang mendalam terhadap Islam, dendam Perang Salib. Dan Semua itu tergambar dalam pidato Panglima Perang Portugis Alfonso Albuquerque di depan pasukannya ketika akan menyarang kerajaan Islam Malaka ( Hamka, 1976):
“Adalah satu pengabdian maha besar dari kita kepada Tuhan apabila kita telah dapat mengusir orang Arab dari daerah ini kelak, sehingga nyala pelita ajaran Muhammad itu padam dan tidak akan bangkit lagi untuk selama-lamanya”.
Pada bagian lain pidatonya, dikatakan :
“…karena saya yakin apabila semenanjung Malaka ini telah kita rebut dari tangan mereka, Kaum Muslimin itu, dengan sendirinya Kairo dan Mekkah jadi tanah tandus yang tidak ada penduduknya lagi. Dan orang Venesia sendiri tidak akan dapat berniaga rempah-rempah kalau tidak membeli kepada kita”.
Bagian akhir pidato ini membuktikan hal lain, yakni eratnya hubungan negeri-negeri Islam saat itu, betapa negeri Melayu ini tidak terpisahkan dengan (sejarah) negeri Islam di mana pun. Saifuddin Zuhri (1979) bahkan mengatakan bahwa peranan Kerajaan Pasai di Aceh sangat besar dalam mempertahankan Masjid Aqsha pada masa Perang Salib. Karena itu pula kemudian dapat dipahami mengapa Mesir (Kairo) dan negara-negara Islam menjadi negara pertama yang mengakui Kemerdekaan RI, sementara negara Barat Kristen sangat terlambat.
Di mana-mana di Nusantra ini Portugis menghadapi kekuatan Islam yang dipimpin para Sultan dan Ulama. Meski Kesultanan Malaka dan Kerajaan Islam Pasai di Aceh dapat ditaklukkan, tetapi ambisi Portugis untuk menguasai Sunda Kelapa dapat dipatahkan oleh Sultan Fatahillah yang kemudian memberi nama Jayakarta (Jakarta) untuk daerah itu.
