Pada tahun 1069, sebagian besar dari masjid, khususnya dinding utara, hancur. dalam kebakaran sebagai akibat dari pemberontakan oleh warga muslim terhadap Syiah Fatimiyah dengan kekuatan tentaranya yang barbar
Muslim Sunni dari Seljuk Turki kembali menguasai kota Damaskus pada tahun 1078 M dan mengembalikan aturan kekhalifahan Abbasiyah. Raja Seljuk Tutush ( 1079-1095) memprakarsai perbaikan kerusakan yang disebabkan oleh kebakaran di tahun 1069M.
Pada tahun 1082, Abu Nasr Ahmad bin Fadl, membangun pusat kubah dan dikembalikan dalam bentuk yang lebih spektakuler;.
Pada tahun 1113M , Sharaf al-Din Mawdud (1109-1113), terbunuh di Masjid Umayyah, sebagai konflik antara muslim Damaskus dan Tentara Salib yang bertempur sengit di pertengahan 1100-an, masjid ini digunakan sebagai titik kumpul utama untuk menyerukan umat Islam mempertahankan kota Yerusalem dan agar kembali ke tangan Islam. Imam terkemuka, termasuk Ibnu ‘Asakir, mengobarkan jihad (“perjuangan suci”) dan ketika Tentara Salib maju ke arah Damaskus tahun 1148, penduduk kota bergerak akan panggilan jihad,. Tentara Salib mundur sebagai akibat dari perlawanan mereka
Tentara Mongol, di bawah kepemimpinan Kitbuqa, yang berkomplot dengan pasukan Tentara Salib, merebut Damaskus dari Ayyubiyah di 1260. Bohemond VI dari Antiokhia, seorang jenderal terkemuka di invasi tersebut , memerintahkan Misa Katolik diadakan di Masjid Umayyah [36] Namun, kerajaan Mamluk, yang dipimpin oleh Qutuz dan Baibars, berhasil merebut kendali atas kota Damaskus di tahun yang sama..
Pada 1285, salah seorang sarjana Muslim terkemuka , Ibn Taimiyah mulai mengajar tafsir Qur’an di masjid. Ketika Mongol Il-Khan menyerang kota itu pada 1300, Ibn Taymiyyah mengobarkan jihad, serukan warga Damaskus untuk melawan mereka. Akhirnya dinasti Mamluk di bawah Qalawun berhasil mengusir Mongol pada akhir tahun itu juga…bersambung. (Wkp/Dz)
