Pada tahun 1990, The Temple Mount Faithful menyatakan bahwa mereka akan meletakkan batu penjuru untuk Kuil Ketiga di tempat Dome of the Rock, yang menyebabkan kerusuhan dan pembantaian di mana 20 orang Palestina dibunuh oleh polisi Israel.
Pada tahun 2000, politisi Israel Ariel Sharon memasuki tempat suci yang disertai oleh sekitar 1.000 polisi Israel, dengan sengaja mengulangi klaim Israel ke daerah yang diperebutkan sehubungan dengan perundingan damai yang diperantarai Perdana Menteri Israel Ehud Barak dengan pemimpin Palestina Yasser Arafat, yang mencakup diskusi tentang bagaimana kedua belah pihak bisa berbagi Jerusalem. Masuknya Sharon ke kompleks tersebut menjadi penyebab utama Intifadah Kedua, di mana lebih dari 3.000 orang Palestina dan sekitar 1.000 orang Israel terbunuh.
Dan yang paling baru di bulan Mei tahun ini, Parlemen Israel mengadakan pertemuan mingguannya di terowongan di bawah Masjid al-Aqsa, pada peringatan 50 tahun pendudukan Israel di Yerusalem Timur, “untuk memperingati pembebasan dan penyatuan Jerusalem” – sebuah langkah yang membuat orang-orang Palestina marah.
Israel terus membatasi masuknya orang Palestina ke dalam kompleks tersebut melalui beberapa metode, termasuk membuat tembok pemisah, yang dibangun pada awal tahun 2000an, yang membatasi masuknya orang-orang Palestina dari Tepi Barat ke Israel.
Dari tiga juta orang Palestina di Tepi Barat yang diduduki, hanya mereka yang berusia di atas batas usia tertentu yang diizinkan masuk ke Jerusalem pada hari Jumat, sementara yang lain harus mengajukan permohonan izin keras dari pemerintah Israel. Pembatasan sudah menyebabkan kemacetan dan ketegangan serius di pos pemeriksaan antara Tepi Barat dan Jerusalem, di mana puluhan ribu orang harus melewati pemeriksaan keamanan untuk memasuki Jerusalem untuk sholat.
