Ketika pemungutan suara, pengusung Kementerian Agama kalah dan akhirnya usul itu dihapus dan diganti dengan Kementerian Pendidikan, Pengajaran, dan Kebudayaan.
Keputusan ini tentu menimbulkan tanda tanya. Sebab, sejak zaman Belanda sampai Jepang sudah ada lembaga khusus yang mengatur soal urusan agama. Mengapa setelah merdeka justru tidak ada?
Atas dasar itu, tiga orang tokoh Partai Masyumi dari Banyumas, Jawa Tengah; KH Abudarduri, H.Moh Saleh Suaidy, dan M Sukoso Wirjosaputro, dalam sidang Kominte Nasional Indonesia Pusat (KNIP) di bulan November 1945, agar ada kementerian khusus yang mengatur urusan agama.
Usulan tiga orang aktifis Partai Masyumi itu mendapat respon positif dari anggota KNIP, yang terdiri dari Moh.Natsir, Dr. Mawardi, Dr. Marzuki Mahdi, N. Kartosudarmo, dll.
Presiden Sukarno yang hadir dalam sidang itu memberi isyarat kepada Wakil Presiden Moh.Hatta, yang disambut dengan pernyataan Hatta sambil berdiri, “adanya Kementerian Agama tersendiri, mendapat perhatian pemerintah.”
Pada tanggal 14 November 1945 Kabinet Sutan Sjahrir dibentuk, yang terdiri atas 16 Kementerian, termasuk Kementerian Negara yang bertugas mengurusi soal peribadatan. H.M Rasjidi, seorang tokoh Partai Masyumi, ditunjuk sebagai Menteri Negara.
Dua bulan setelah menjadi Menteri Negara, H.M Rasjidi ditunjuk oleh Perdana Menteri Sutan Sjahrir, menjadi Menteri Agama.
