Selain mengatakan Islam jenis itu kearab-araban, mereka (IN) juga menuduh adanya paham radikalisme dan wahabiisme yang coba menjadikan Indonesia berpotensi menjadi negara-negara kacau seperti di Suriah dan Timur Tengah lainnya. Dengan menghadirkan Islam Nusantara maka diharapkan jati diri bangsa Indonesia akan kembali menjadi bangsa yang harmonis dan jauh dari kekerasan dan saling fitnah.
Tentu saja adalah hak sebuah komunitas atau lapisan sosial masyarakat kita merepresentasikan diri dalam suatu konsep gerakan. Kita melihat tokoh-tokoh muda asal NU ini mereproduksi gagasan Islam Nusantara sangat serius untuk mampu memunculkan suatu kebanggan pada sejarah yang berjejak pada perjuangan leluhur mereka.
Beberapa hal seperti Hari Santri dan Fatwa Jihad menjadi bagian jejak sejarah yang diklaim dan akhirnya muncul sebagai bagian penting dari sejarah kebangsaan kita. Tokoh-tokoh IN ini adalah tokoh sentral asal NU dari kalangan muda, termasuk Muhaimin Iskandar, Nusron Wahid, Ulil Absar Abdalla, dan lainnya. Sebaliknya, beberapa tokoh mudah asal NU yang tidak ingin masuk dalam tema Islam Nusantara ini, masuk pada gagasan NU Garis Lurus.
Dengan banyaknya tokoh-tokoh utama IN yang berilian menjadi tersangka koruptor, pertanyaan kemudian muncul, apakah value atau nilai Islam yang ditawarkan IN ini? Menjadikan hari santri, misalnya, mungkin penting dari sisi presence (kehadiran) namun untuk apa sebuah kehadiran jika tidak menawarkan nilai dan gagasan?
Dahulu kala, misalnya, ketika Tjokroaminoto melahirkan gerakan baru, Serikat Islam, dia menawarkan sebuah gagasan reposisi kaum pribumi dan pedagang muslim dalam struktur sosial kita. Belanda yang membangun hirarki di atas, Cina di tengah dan pribumi Islam sebagai “anjing-anjing” (de Honden) dilawan oleh gerakan Serikat Islam (SI). SI berhasil membangun jutaan basis massa melawan Belanda dan Tjokroaminoto berhasil melahirkan kader-kader bangsa, termasuk Soekarno.