Pada Perang Badar, ia terpaksa berhadapan dengan ayahnya, Abdullah bin Jarrah, yang berperang di pihak Quraisy. Ia berusaha menghindari ayahnya, tetapi karena ayahnya terus mengejar, akhirnya Abu Ubaidah melawan dan membunuhnya.
Sejatinya, Abu Ubaidah tidak membunuh ayahnya tetapi membunuh kemusyrikan yang bersarang dalam pribadi sang ayah. Tindakannya ini dibe nar kan oleh Alquran surah al-Mujadalah ayat 22, yang turun setelah itu.
“Kamu tidak akan mendapati suatu kaum yang beriman kepada Allah dan hari kiamat saling berkasih sayang dengan orangorang yang menentang Allah dan Rasul-Nya, sekalipun orang-orang itu bapak-bapak atau anak-anak atau saudara-saudara ataupun keluarga mereka. Mereka itulah orang-orang yang telah Allah tanamkan keimanan dalam hari mereka dan menguatkan mereka dengan perto long an yang datang dari-Nya.
Dan, dimasukkan-Nya mereka ke dalam surga yang mengalir di bawahnya sungai-sungai, mereka kekal di dalamnya. Allah rida terhadap mereka dan mereka pun merasa puas terhadap (limpahan rahmat)-Nya. Mereka itulah golongan Allah. Ketahuilah bahwa sesungguhnya golongan Allah itulah golongan yang beruntung.”
Ayat tersebut tak membuat Abu Ubaidah membusungkan dada. Yang pasti, hal itu kian mengokohkan keimanannya kepada Allah dan Islam.
